医保卡余额为零的原因一般有；

1、医保机构还没有进行划账，如果参保人才刚刚拿到医保卡不久，查询余额时发现为零，可能是因为医保经办机构还没有正式划账，只需要耐心等待即可；

2、查询方式不正确，社保卡中一般是包含两个账户的，其中一个是银行卡账户，二者不通用，因此，如果是在ATM机进行余额查询的话，那么只能够查询到银行卡账户中的余额，如果没有使用过银行卡账户的话，那么余额自然会显示为零；

3、灵活就业人员按照最低档缴费是不设立医保个人账户的，因此余额为零；

4、城乡居民医保不设置医保个人账户，因此余额为零。