安徽水运条件优越，长江、淮河、新安江三大川流横贯省境。全省水域面积广阔，大小河流有300多条，总长度约1.5万多千米，通联全省81%的市、县，能与9个省市相通。

在安徽省境内，拥有6000多千米内河航道，共有一、二类口岸11个、港口16个。其中，长江流域的港口主要有合肥港、芜湖港、安庆港、马鞍山港、铜陵港、池州港、滁州港。

淮河流域的港口主要有蚌埠港、淮南港、六安港、阜阳港、亳州港、宿州港、淮北港，而新安江流域的港口有黄山港、宣城港。