1、原种不同：锦鲤是鲤鱼的变种，而金鱼是鲫鱼的变种。
2、尾巴不同：一般锦鲤为单尾，少数为双尾。而金鱼通常为双尾，有的变异品种甚至有三尾或者四尾。
3、长度不同：一般成年的锦鲤比金鱼长很多。
4、胡须区别：一般锦鲤有须，而金鱼无须。
5、体型区别：一般成年的锦鲤体型比金鱼大很多。
5、饲养区别：锦鲤体型较大，比较适合缸养或者是池养，金鱼体型较小，且鱼体圆润，适合圆缸或者是方缸饲养。不少人养鱼喜欢将不同的品种进行混养，而锦鲤和金鱼就可以一起混养。锦鲤和金鱼的生活环境比较相似，两者适宜的水温环境都在22到26度之间，所以混养的时候不需要刻意调整水里的温度。