合肥工业大学校旗印有学校标识和中英文校名，呈竖式排列，中文校名文字为邓体;校旗采用红白相间的颜色，红色取自校区内1958年建造的教学主楼的红砖颜色，区别于一般旗帜颜色，凸显其历史的厚重感。

白色取自校园广植的白玉兰花色，因其白玉兰为合肥市市花，从而体现学校所处地域的特色;校旗白色部分占整个校旗面积的三分之二，寓意工科在学校学科布局上的主体地位，上下红色部分占三分之一，分别寓意理科和文科，诠释了学校以工为主，理工结合、文理渗透的多科性大学特点。

尺寸规格：一号旗帜：2880mm×1920mm;二号旗帜：2400mm×1600mm;三号旗帜：1920mm×1280mm;四号旗帜：1440mm×960mm。