两者科属不同：

草果：又称之为草寇、草寇仁、草豆蔻。为姜科植物草豆蔻的成熟种子团。夏、秋果实成熟时采收，晒至8～9成干，剥去果皮，取出种子团，晒干。

肉蔻：别名豆蔻、肉果、玉果，为肉豆蔻科植物肉豆蔻的种仁。香果，又名：川芎、芎藭、胡藭、马衔、芎藭。伞形科、藁本属多年生草本，高40-60厘米。

除此之外，在气味上也是有所不同的。